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命令行模式 · 学习手册

BioSolveIT CLI 工具
分步实战教程

这是一套面向 BioSolveIT 九个命令行组件的中文学习站点。每个工具都有独立页面,涵盖它能做什么、如何安装授权、最小可运行命令(Jump Start)、完整参数说明,以及可直接复制的实战示例。

9 个工具 对接 Docking 打分 Scoring 相似性 Similarity 化学空间 Chemical Space
通用前提
九个工具全部是命令行程序,均需要 许可证(license) 才能运行,有效的 SeeSAR 许可证通常也被这些工具接受(FastGrowDBCreator 除外)。所有工具都支持 --help--license-info--version--thread-count-v / --verbosity 这几个通用选项 —— 详见 通用选项参考页。下方按用途分为三类。
没有匹配的工具 —— 试试「对接」「相似性」「化学空间」「打分」等关键词。
结构对接、打分与生长 · Structure-Based
3D 构象与叠合 · Conformation & Alignment
化学空间检索与构建 · Chemical Space

推荐学习路径 / 典型工作流

如果你刚接触这套工具,按下面的顺序串起来理解最快 —— 它正好对应一条典型的虚拟筛选工作流。点击任一节点直接进入对应教程。

  1. Conformator — 准备 3D 结构
    把 2D / SMILES 库转换成对接所需的 3D 坐标。
  2. FlexX — 对接
    把 3D 配体库对接进蛋白口袋,得到结合姿势(poses)。
  3. HYDE — 重打分
    对 FlexX 的姿势用去溶剂化打分重新排序,这是官方强烈推荐的一步。
  4. FastGrow — 生长优化
    从命中片段出发,向口袋方向生长出更优分子。
  5. FTrees / SpaceLight / SpaceMACS — 扩展化学空间
    用不同相似性度量去超大化学空间里找类似物与骨架跃迁。
  6. CoLibri — 自建空间
    用你自己的构建块与反应,生成可被上面三个工具检索的专属化学空间。