HYDE 教程 · 亲和力打分

01 它能做什么

典型用法

HYDE 最常见的用途是给 FlexX 的对接结果重打分、改善排序。输入分子需已位于蛋白口袋内并带 3D 坐标(对接结果或晶体天然配体)。

需要 HYDE 程序包(产品名 hydescorer)、命令行环境与有效许可证。有效的 SeeSAR 许可证也会被 hydescorer 接受。许可证放置方式与其他工具相同:测试许可证直接放在可执行文件旁。

检查 license

./hydescorer --license-info

配合 SeeSAR 更顺手

建议同时装 SeeSAR:在 SeeSAR 里完成受体准备后写出 .hydescorer 文件,再到命令行用 HYDE 调用;在 SeeSAR 中还能看到绿/红"光晕"形式的逐原子贡献,便于理解结果。

最少需要:含 3D 坐标、位于蛋白口袋中的配体输入文件,加上位点定义(两种方式)。

hydescorer — 蛋白 + 参考配体

./hydescorer -i MyDockingResults.sdf -o MyHYDEoutput.sdf \
          -p MyProtein.pdb -r My3DReferenceLigand.sdf

从 SeeSAR 的 Docking / Binding Site / Analyzer Mode 导出 .hydescorer 文件,内含蛋白、预定义结合位点与保守水。

hydescorer — 定义文件

./hydescorer -i MyDockingResults.sdf -o MyHYDEoutput.sdf \
          --binding-site-definition MyDefinitionFile.hydescorer

输出 .sdf 包含每个配体的 HYDE 优化姿势,以及亲和力上下界字段 ..._AFFINITY_LOWER_BOUNDARY 与 ..._AFFINITY_UPPER_BOUNDARY(单位 nM),真实亲和力预计落在两者之间。

-i / --input

配体输入(.sdf .mol .mol2)。所有分子须含 3D 坐标且位于口袋内,否则无法处理。

-o / --output

输出文件(仅 .sdf),含优化并打分后的姿势及亲和力范围、质量信息。

-p / --protein

蛋白文件(.pdb .ent .cif .mcif .mmcif),须配合 -r。与 --binding-site-definition 互斥。

-r / --refligand

参考配体(含 3D),用于界定结合位点(6.5 Å 球规则,同 FlexX)。与定义文件互斥。

--binding-site-definition

从 SeeSAR 导出的 .hydescorer 文件,可含药效团约束作后过滤(只输出满足约束的结果)。与 -p/-r 互斥。

选项	说明
`--keep-input-sd-tags`	把输入 SD 标签带到输出姿势。
`--hbond-only`	只做氢键网络计算与优化,不做 HYDE 打分(输出无打分)。
`--write-protein`	额外写出"配体+蛋白"复合物(`.pdb`/`.cif`),每个分子一个文件。
`--write-atom-scores`	在输出中包含逐原子打分(字段 `HYDE_ATOM_SCORES [kJ/mol]`)。

输出 .sdf 里有一组 BIOSOLVEIT.* 字段,关键几个:

SD 字段	含义
`..._AFFINITY_LOWER / UPPER_BOUNDARY`	估计结合亲和力的下界 / 上界(nM),真实值预计落在区间内。
`HYDE_LIGAND_EFFICIENCY`	配体效率 LE。>0.513 很高,<0.205 很差。
`HYDE_LIGAND_LIPOPHILIC_EFFICIENCY`	亲脂配体效率 LLE。>6.5 很高,<2.0 很差。
`INTER_CLASH` / `INTRA_CLASH`	配体-蛋白 / 配体内部冲突评级:0 绿(无)/ 1 黄(≤2 个可容忍)/ 2 红(有严重冲突)。
`TORSION_QUALITY`	扭转质量:0 绿 / 1 黄 / 2 红(>1 个不可容忍扭转)。
`NUMBER_OF_H_BONDS`	配体-受体氢键数。
`LOGP` / `TPSA` / `MOLECULAR_WEIGHT`	Crippen clogP、拓扑极性表面积(Å²)、分子量(g/mol)。
`HYDE_ATOM_SCORES [kJ/mol]`	逐原子贡献(总贡献、受体/配体去溶剂化与相互作用),仅在 `--write-atom-scores` 时输出。

绿色 = 好,红色 = 注意

用 INTER/INTRA_CLASH 和 TORSION_QUALITY 这三个"红绿灯"快速筛掉几何上不合理的姿势,再看亲和力区间与 LE/LLE 排序。